Следствие прекращено в связи с истечением срока давности привлечения к уголовной ответственности.
Следователей интересовал как раз тот период, когда Вавилов трудился в Минфине. По версии прокуратуры, он злоупотребил своим служебным положением и совершил хищение многомиллионной долларовой суммы из федерального бюджета. Следствие утверждало, что выделенные из государственной казны деньги в итоге оказались в оффшорах Антигуа и на счетах подставных фирм в Латвии. Но все описанные в уголовном деле события произошли в 97 году, а срок давности по такого рода преступлениям составляет 10 лет. Поэтому Следственный комитет, внеся в свою документацию утверждение «вина Вавилова полностью доказана», закрыл дело. Сам Андрей Вавилов не стал спорить с причиной прекращения расследования и, по прогнозу газеты Коммерсант, скорее всего не будет обжаловать постановление в такой формулировке. При этом издание отмечает, что согласие на закрытие дела по так называемым «нереабилитирующим» основаниям не означает признания вины. Сам же чиновник отказался комментировать ситуацию и запретил делать это своему адвокату.
Следствие не настаивало на прекращении сенаторских полномочий Андрея Вавилова, в последние годы он работал в Совете Федерации.