Президент Грузии Михаил Саакашвили обвинил Россию во вмешательстве во внутренние дела его страны. Острый внутриполитический конфликт, связанный с обвинениями в подготовке убийства политического оппонента, грузинский руководитель игнорирует.
В январе 2006 года на двух ветках газопровода в Северной Осетии сработали взрывные устройства, а также произошла авария на ЛЭП в Карачаево-Черкессии. В результате Грузия осталась без газа и электричества. По версии следователей, это была диверсия экстремистских группировок. Михаил Саакашвили назвал произошедшее саботажем. По его словам, "поступившие разъяснения российской стороны по поводу случившегося носят неубедительный и противоречивый характер".
В феврале 2006 года в зоне грузино-осетинского конфликта грузинской стороной был захвачен грузовик российских миротворцев. Через несколько дней были задержаны три офицера российской армии, который прибыли расследовать инцидент с автомобилем. Спустя два дня они были отпущены.
В том же месяце грузинские полицейские задержали два грузовика с продовольствием для российских миротворцев. Первый вице-спикер Госдумы от фракции "Единая Россия" Любовь Слиска назвала случившееся провокацией со стороны грузинских властей.
В марте 2006 года Роспотребнадзор ввел запрет на поставки и продажу в России вина и виноматериалов из Молдавии и Грузии. По объяснению главного санитарного врача Геннадия Онищенко, грузинские и молдавские вина не соответствуют необходимым стандартам качества, а именно отличаются повышенным содержанием пестицидов и железа. В ответ Грузия пригрозила разорвать двусторонний протокол с Россией о присоединении РФ к Всемирной торговой организации.
В апреле таможенной службе РФ было предписано прекратить ввоз в страну грузинской минеральной воды "Боржоми" и "Набеглави". Сразу после этого Россия отказалась и от грузинской сельскохозяйственной продукции.
В мае 2006 года главный санитарный врач Онищенко наложил полный запрет на ввоз минеральной воды "Боржоми" производства Грузии на территорию РФ.
В июле 2006 года Тбилиси отозвал свою подпись под протоколом о завершении переговоров по вступлению Москвы в ВТО.
В сентября 2006 года грузинские спецслужбы задержали четверых российских офицеров и 11 грузинских граждан по подозрению в шпионаже. Здание группы российских войск в Закавказье было оцеплено. В ответ Москва отозвала посла из Тбилиси и прекратила выдачу виз гражданам Грузии.
В октябре 2006 года Россия начала экономическую блокаду Грузии. Минтранс заявил, что РФ приостанавливает авиационное, автомобильное, морское и железнодорожное сообщение с Грузией. Минсвязи - что прекращает доставку почты в страну, включая почтовые переводы. Также было оказано давление на грузинских граждан, проживающих на территории РФ. За "нарушение правил проживания в стране" грузин депортировали из России на грузовых самолетах МЧС.
В ноябре 2006 года "Газпром" заявил о скором повышении цены на российский газ, поставляемый в Грузию. Если в 2006 году цена поставки составляла 110 долларов за тысячу кубометров, то с 2007 года "Газпром" предложил повысить цены до 230 долларов. В ответ на это Грузия снова напомнила о своем праве не пускать Россию в ВТО.
В августе 2007 года Грузия обвинила Россию в авиационной бомбардировке ее территории. По словам пресс-секретаря грузинского МВД, два российских истребителя сбросили 700-килограммовую бомбу на деревню Цителубани (бомба не взорвалась). Российская сторона отрицала свою причастность к инциденту.