Заместителем министра обороны назначена Любовь Куделина. На новом посту она будет по-прежнему курировать вопросы финансово-экономической деятельности министерства. В этом ей будут помогать бывший вице-президент нефтяной компании и замглавы ФНС.
В 1998 году проверка Контрольно-ревизионным управлением Минфина в Минобороны России выявила серьезные нарушения бюджетно-сметной дисциплины: в исполнении гособоронзаказа, нецелевом и неэффективном использовании средств федерального бюджета, неполном отражении их в финансовой отчетности. Например, авиакеросина в 1996 году было закуплено на 54%, а дизельного топлива на 21% больше, чем в объемах гособоронзаказа, на что безосновательно было израсходовано 700 млн рублей. В Московском военном округе в 14 из 15 проверенных воинских частей превышение расхода бензина составляло в среднем 121%. В 4-й танковой дивизии перерасход бензина составил 375%, а дизельного топлива – 740%. В целом с 1994 по 1998 годы Минобороны потратило 47 млрд рублей, не предусмотренных бюджетом.
Общий объем нецелевого использования средств федерального бюджета, направленных в 1999-2000 годах на финансирование научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполняемых научно-исследовательскими организациями Минобороны, составил 181,5 млн рублей.
С 1999 по 2004 годы Счетная палата выявила нецелевое и неэффективное использование бюджетных средств по линии Минобороны в объеме 14 млрд рублей.
В 2005 году Счетная палата выявила в сфере национальной обороны финансовых нарушений на сумму 1 млрд 892,17 млн рублей. Больше всего нарушений проходит по трем статьям военного бюджета: закупки вооружений, продовольствия, прочих материальных ресурсов. Помимо этого массовые финансовые злоупотребления связаны со сферой обеспечения выплат денежного довольствия, социальных пособий, выдачей и реализацией государственных жилищных сертификатов. По выявленным фактам нарушений в социальной сфере органами военной прокуратуры возбуждено 98 уголовных дел. А всего в 2005 году по итогам проверок Счетной палаты в отношении военнослужащих и гражданского персонала Минобороны РФ было возбуждено 127 уголовных дел.
В июне 2007 года Счетная палата выявила в ходе проверки в Министерстве обороны факты нецелевого использования примерно 102 млн рублей бюджетных средств, предназначенных для оплаты квартирно-эксплуатационных расходов.
По словам аудитора Счетной палаты Александра Пискунова, оборонные расходы имеют низкий уровень прозрачности. Засекречены даже коммунальные расходы и отчисления на обязательное социальное страхование.